菌落總數檢測是檢查在一定條件下(如需氧情況、營養條件、pH、培養溫度和時間等)每克(每毫升)檢樣所生長出來的細菌菌落總數。菌落是指細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數以萬計相同的細菌集合而成。當樣品被稀釋到一定程度，與培養基混合，在一定培養條件下，每個能夠生長繁殖的細菌細胞都可以在平板上形成一個可見的菌落。
菌落總數檢測的幾項說明：
1．菌落總數的測定。是以檢樣中的細菌細胞和營養瓊脂混合后，每個細菌細胞都能形成一個可見的單獨菌落的假定為基礎的。由于檢驗中采用36℃于有氧條件下培養(空氣中含氧約20％)，因而并不能測出每g或mL檢樣中實際的總活菌數，厭氧菌、微嗜氧菌和嗜冷菌在此條件下不生長，有特殊營養要求的一些細菌也受到了限制，因此所得結果，只包括一群能在普通營養瓊脂中發育、嗜中溫的、需氧和兼性厭氧的細菌菌落的總數。
2．鑒于食品檢樣中的細菌細胞是以單個，成雙、鏈狀、葡萄狀成堆的形式存在，因而在營養瓊脂平板上出現的菌落可以來源于細胞塊，也可以來源于單個細胞，因此平板上所得需氧和兼性厭氧菌菌落的數字不應報告活菌數，而應以單位重量、容量或表面積內的菌落數或菌落形成單位數(colonyformingunits，CFU)報告之。
3．每種細菌都有它一定的生理特性，培養時，應用不同的營養條件及其他生理條件(如溫度、培養時間、pH、需氧性質等)去滿足其要求，才能分別將各種細菌都培養出來。因此，要得到較全面的細菌菌落總數，應將檢樣接種到幾種不同的非選擇性培養基上，并培養在不同條件下，如溫度，氧氣供應等。但國家頒發的食品衛生標準對不同食品的菌落總數的規定，都是根據用普通營養瓊脂進行需氧培養所得的結果確定的，因此在食品的一般衛生學評價中并不要用幾種不同的非選擇性培養基培養。
